На территории Краснодарского края осуществляют хозяйственную деятельность, связанную с природопользованием, свыше 15,0 тыс. промыш­ленных, строительных, сельскохозяйственных и транспортных предприятий, оказывающих негативное воздействие на качество окружающей природной среды.

Загрязнение окружающей среды токсичными промышленными отходами. Отходы в городской среде свидетельствуют об отсутствии на большинстве предприятий переработки, утилизации отходов, а также их использования в народном хозяйстве. Остро стоит проблема твердых бытовых отходов. Токсичные выделения свалки самым негативным образом влияют на экосистемы, урбанизированных территорий, в т.ч. курортных городов Сочи, Геленджик.

В сельских районах, в результате развития на Кубани рисосеяния и в целом агропромышленного комплекса, химизации сельскохозяйственного производства, на протяжении многих лет основными экологическими проблемами являются:

Пестцидное загрязнение. Проблема загрязнения пестицидами почв и грунтовых вод существует практически для всех сельскохозяйственных зон Краснодарского края, но особенно она актуальна для зоны рисосеяния (Красноармейский, Калининский, Крымский, Темрюкский, Славянский), где отмечается ухудшение здоровья населения.

Деградация почв. Сплошная распашка степей, вырубка лесов, особенно на склонах гор, осуществление зачастую непродуманных мелиоративных мероприятий не могли не привести к резкому усилению эрозионных процессов. В настоящее время в результате сплошной распашки с отвальной системой, почти 50 % площади пашни подвержена водной и ветровой эрозии.

Деградация водных объектов. Весьма остро для степных районов Краснодарского края, стоит так называемая проблема малых рек. Ученые с тревогой констатируют "умирание" многочисленных мелких и средних водотоков, прежде всего, в равнинной засушливой зоне, занимаемой около 40 % всей территории Краснодарского края.